Sieben Österreicher sind 2018 im Kampf um den deutschen Pokalsieg noch dabei: Guido Burgstaller und Alessandro Schöpf mit Schalke, Florian Kainz und Zlatko Junuzovic mit Werder Bremen, Karim Onisiwo, der nach seiner Schulteroperation im Jänner wieder ins Training einsteigt, mit Mainz, Teamkapitän Julian Baumgartlinger mit Leverkusen sowie David Alaba und Marco Friedl mit Bayern stehen im Viertelfinale. Kainz zeigte bei Bremens 3:2 über Freiburg, bei dem Junuzovic verletzt fehlte, einmal mehr auf, vor allem mit seinem Tor zum 2:0: Starkes Dribbling, Knaller ins kurze Eck. 
Weil er wegen des Ausfalls von Torjäger Pierre Emerick Aubameyang es mit drei Innenverteidigern versuchte. Das nannten manche mutlos, sich mit einer Fünferkette in München hinten reinzustellen sei wie eine Kapitulation. So ein „stögerliches Auftreten“ dürfe eine Mannschaft mit dem Anspruch, die Nummer zwei in Deutschland zu sein, nicht haben. Bei 10:1-Torschüssen bis zur Pause hätte Bayern den Chancen höher führen können, eigentlich nach zwölf Minuten schon 3:0. Und ehe Dortmund wirklich gefährlich wurde, gab´s zwei Bayern-Chancen auf ein drittes Tor. Stöger setzte schon nach 35 Minuten mit Mittelfeldspieler Mahmoud Dahoud statt des überforderten spanischen Innenverteidigers Eric Bartra ein erstes Zeichen, brachte nach der Pause mit Weltmeister Andre Schürrle und dem 18jährigen Schweden Alexander Isak zwei Stürmer. Isak vergab in der Nachspielzeit den Sitzer zum 2:2.
Stöger konterte gegenüber Ballack die Vorwürfe bezüglich Fünferkette sehr souverän und selbstsicher mit dem Hinweis, dass die Variante mit drei Innenverteidigern bei Dortmund schon vor seiner Zeit öfters aktuell, daher nichts neues oder ungewohntes war: „Wir kamen nicht in die Zweikämpfe, zeigten zu wenig Mut, über außen nach vorne zu spielen, hatten eine viel zu schlechte Passqualität. Das waren die Probleme“. Dass die Mannschaft spät aber doch eine Reaktion, zeigte, wertete er als positiv. Aber das war zu wenig.
Dennoch: Um Stöger muss man sich im Frühjahr 2018 keine Sorgen machen. Die scheint er auch selbst nicht im geringsten zu haben. Weil er hundertprozentig davon überzeugt ist, dass ihm nach der Rückkehr von Verletzten wie Marco Reus, Weltmeister Mario Götze, Aubameyang, mit den Routiniers Gonzalo Castro und Lukasz Pisczek noch mehr Qualität zur Verfügung stehen wird als bei seinen ersten drei Partien. Daher werde er gegenüber Boss „Aki“ Watzke keine Winterkäufe fordern: „Ich brauch´gar nichts.“ Mit der Prognose, dass die Borussia im Frühjahr ein attraktiveres Gesicht haben werde, ohne kopflos durch die Gegend zu laufen und dem überzeugten Zusatz „keine Sorge“, verabschiedete sich Stöger für 2017 von den TV-Kameras. Ein starker Abgang trotz Niederlage.